Fluconazole का उपयोग कवक के (Fungal) संक्रमण, Cryptococcal Meningitis (मस्तिष्क में फंगल संक्रमण), Coccidioidomycosis (फेफड़ों की बीमारी), कैंडिडा (Candida) से होने वाले संक्रमण (जो रक्त धारा ,शरीर के अंग (जैसे दिल, फेफड़े) या मूत्र पथ में पाया जाता है) के उपचार में किया जाता है। साथ ही यह Mucosal Thrush (संक्रमण जो मुँह की परत, गले और Denture Sore Mouth को प्रभावित करता है), योनि में यीस्ट संक्रमण (Vaginal Yeast Infection / Vaginal Thrush) और Athlete's Foot, दाद, खुजली, नाखून के संक्रमण जैसे त्वचा सम्बंधित संक्रमणो को भी ठीक करता है ।